José Manuel Cerqueira Afonso dos Santos nasceu a 2 de Agosto de 1929, em Aveiro, "na parte da cidade voltada para o realismo e para o mar".

Quando o pai, José Nepomuceno Afonso, foi colocado em Angola, em 1930, como delegado do Procurador da República, Zeca Afonso permaneceu em Aveiro por razões de saúde, confiado aos cuidados da tia Gigé e do tio Xico, um "republicano anticlerigal, anti-sidonista. Um homem impoluto". Tinha então um ano e meio e cresceu numa casa situada na Fonte das sete Bicas, rodeado da ternura fraterna das primas e dos tios.

De 1932 a 1937 José Afonso viveu com os pais e irmãos em Angola, deslumbrando-se com a imensidão africana. A relação física com a natureza causou-lhe uma profunda ligação ao continente africano que se refletirá pela sua vida fora. As trovoadas, os grandes rios atravessados em jangadas, a floresta esconderam-lhe a realidade colonial. Só anos mais tarde, ao exercer a docência em Moçambique, conhecerá a fotografia amarga da sociedade colonial moldada ao estilo do "apartheid" de Pretória

Em 1937 volta para Aveiro, onde é recebido por tias do lado materno, e no mesmo ano parte para Moçambique. Em Lourenço Marques reencontra-se com os pais e irmãos, com quem viverá pela última vez em conjunto até 1938.

Quando voltou para o continente, em 1938, José Afonso foi para casa do tio Filomeno, então presidente da Câmara, em Belmonte. No ano seguinte os pais já estavam em Timor, onde seriam cativos dos ocupantes japoneses durante três anos, até 1945. Foram três anos sem notícias dos pais.

Em Belmonte, Zeca Afonso completou a instrução primária e viveu o ambiente mais profundo do salazarismo, de que seu tio era fervoroso admirador. "Foi o ano mais desgraçdo da minha vida", confidenciou. Pró-franquista e pró-hitleriano, o tio de José Afonso levou-o a envergar a farda da Mocidade Portuguesa. Mas com a chegada a Coimbra em 1940, instalado em casa de uma tia devota, as suas pulsões mais íntimas sobrepuseram-se às influências familiares.