Em 1958 José Afonso grava o seu primeiro disco "Baladas de Coimbra" enquanto acompanha o movimento em torno da candidatura presidencial de Humberto Delgado. Mais tarde grava "Os Vampiros" que, juntamente com "Trova do Vento que Passa", escrita por Manuel Alegre e cantada por Adriano Correia de Oliveira, constituem um marco fundamental da canção de intervenção e de resistência antifascista.

Em 1964 parte para Moçambique. Professor de liceu, desenvolve uma intensa actividade política contra o colonialismo, o que lhe traz problemas com a PIDE e com a administração colonial. Mais tarde regressa a Portugal onde é colocado como professor em Setúbal, mas posteriormente é expulso do ensino. Para sobreviver dá explicações e grava o seu primeiro LP, "Baladas e Canções".

Em 1967-70, Zeca protagoniza uma intervenção política e musical ímpar, convertendo-se num símbolo da resistência. Várias vezes detido pla PIDE, mantém contactos com a Luar, PCP e esquerda radical. Em 69 participa no 1o Encontro da "Chanson Portugaise de Combat" em Paris e empenha-se fortemente na eleição de deputados à Assembleia Nacional da CDE de Setúbal, gravando tambem o LP "Cantares do Andarilho", recebendo o prémio da Casa da Imprensa pelo melhor disco do ano, e o prémio da melhor interpretação. Alvo de sensura José Afonso passa a ser tratado nos jornais por Esoj Osnofa!

Com os arranjos de José Mário Branco, em 1971, edita "Cantigas do Maio", Neste álbum surge "Grândola Vila Morena" que se tornará um símbolo da revolução de Abril. Desde então Zeca participa em vários festivais. É publicado o livro "José Afonso", coordenado por Viale Moutinho. É lançado o LP "Eu vou ser como a toupeira". Em 1973 canta no III Congresso da Oposição Democrática e grava "Venham mais cinco".

Após a Revolução dos Cravos, participa em numerosos "cantos livres" e grava o LP "Coro dos Tribunais", onde conta com a colaboração de Fausto, Adriano Correia de Oliveira, Vitorino e José Niza, entre outros. Em 1975 canta em inúmeros espectáculos de dança e lança "Com as minhas tamanquinhas".

Em 1976 apoia Otelo Saraiva de Carvalho na candidatura à presidência da república. Em 1981 Actua no Theatre De La Ville de Paris, compõe a música de "Fernão Mendes" para a "Barraca" e grava "Enquanto há força" e "Fura fura".

Em 1985 José Afonso já se encontra doente. O Coliseu de Lisboa é o palco do seu último espectáculo. As homenagens multiplicam-se e é condecorado com a Ordem da Liberdade. Já muito enfermo, em 1985, apoia a candidaduta de Lourdes Pintassilgo à presidência da república. É editado o seu último disco, Galinhas do Mato.

A 23 de Fevereiro de 1987 morre no Hospital de Setúbal